【PK&PD】NLME远程计算节点搭建实例

前言

本文主要介绍如何将单独一台Linux计算机部署为一个供Phoenix NLME使用的远程计算节点，即下表中高亮的两列的类型。

1.系统环境
1.1本地
操作系统：Windows 10家庭中文版，64位，版本号1903
必须软件：Phoenix 8.2
所需的许可：Phoenix NLME
系统语言：中文
Phoenix计算设置：
用途概述：作为Phoenix NLME任务的构建、提交端，是计算任务的发起端。

1.2远程
操作系统：CentOS Linux 7
IP地址：192.168.31.130
必须软件：GCC，R，ksh，epel-release，libxml2-devel，R
必须R包：batchtools，XML，reshape，Certara.NLME8（从Phoenix的安装目录中获取）
所需许可证：：Windows端有即可，Linux端无需额外许可证
系统语言：英文（安装过程可以使用中文的界面，但安装完成后用于接受”作业（Job）“的用户的系统必须为英文，否则会因为Phoenix无法识别返回的信息中的中文日期而发生错误）
用途概述：该节点用接收Phoenix Modle发送过来的NLME任务，并执行NLME的任务，然后将任务返回给Phoenix。

2.安装过程
2.1本地：
略，详情参见Phoenix的用户手册。

2.2远程：
#在Linux中安装基础环境软件
yum install epel-release
yum install gcc ksh libxml2-devel R

#安装R的包
R
install.packages(c('batchtools', 'XML', 'reshape'))
q()

#将本地端Phoenix安装目录下的“Certara.NLME8_0.0.1.0001.tar.gz”文件复制到远程端，然后在远程端导航至包含有Certara.NLME8_0.0.1.0001.tar.gz包的目录，使用如下命令安装
R CMD INSTALL Certara.NLME8_0.0.1.0000.tar.gz

#启动远程端的SSH远程访问服务
service sshd start

3.组态（配置）
3.1远程：
#不建议使用root账户执行作业(job)，所以这里新建一个用于接受Phoenix NLME提交作业的账户
adduser submit
passwd submit#设置密码，此处我设置为Qq123123123

#创建用于接收并储存Phoenix NLME发送过来的作业的目录
mkdir -m 777 /var/tmp/nlme

#查找R软件的安装目录，便于之后使用
which R

3.2本地：
3.2.1启动Phoenix
依次在菜单栏点击 ”编辑（Edit）“→”首选项（Perferences）“→”远程执行（Remote Execution）“→”计算节点（Compute Grid）“，
导航至”计算节点（Compute Grid）“配置页面后，点击页面上的”增加（Add）“按钮新增一个配置

#”计算节点（Compute Grid）“配置页面各个文本框的填写说明：
远程计算机名称（User machine name）：远程计算的名称，该名称将显示在Phoenix Model的“运行选项（Run Option）”选项卡上的选择框中，可以自行随意定义。
启动脚本（Startup script）：在远程主机上执行的脚本，用于设置运行环境。
机器名称/IP地址（Machine name/IP address）：远程计算机系统中的实际机器名称或其IP地址。
共享文件夹（Shared folder）：应用程序可以在远程计算机上写入结果/临时文件的位置。
机器类型（Machine type）：从Windows或Linux中选择。
R文件夹（R folder）：远程计算机上R软件的安装路径。
并行模式（Parallel mode）：如果机器类型为Windows，请选择None，MultiCore，MPI。如果机器类型是Linux，请选择None，MultiCore，MPI，TORQUE，SGE，SGE_MPI，TORQUE_MPI。
核心数（Number of cores）：此网格上可用的计算核心数。
用户（User）：登录主机的用户名。除非使用私钥文件，否则这是使用网格所必需的。
密码（Password）：登录主机的密码。除非使用私钥文件，否则这是使用网格所必需的。

3.2.2填写配置
对于该实例，配置应填写如下：
User machine name：Tri_Linux_single_test
Machine name/IP address: 192.168.31.130
Shared folder: /var/tmp/nlme
Machine type: Linux
R folder:/bin/R
Parallel mode:MultiCore
Number of cores: 2
User:submit
Password:Qq123123123

填写完成，点击“OK”按钮保存。

4.测试
4.1启动Phoenix

4.2加载测试用的群体项目文件
如C:\ProgramFiles (x86)\Certara\Phoenix\application\Examples\NLME\Pheno.phxproj

4.3导航至“运行选项（Run Option）”选项卡
在对象浏览器中选择一个“Pheno Model”操作对象，然后导航至“运行选项（Run Option）”选项卡。

4.4切换执行项目的计算平台
在“执行（Execute on）”下拉框中选择“Tri_Linux_single_test”选项，点击Phoenix工具栏上的“执行（Execute）”按钮

4.5执行
点击工具栏中的“执行”按钮，执行该操作对象，等待20秒左右，即可查看到返回的计算结果。

5.错误排查
如果超过1分钟都没反应，则说明之前的操作步骤中可能存在问题，可按如下步骤排查：
1.导航至Linux计算机上的“共享文件夹（Shared folder）” /var/tmp/nlme，查看其中是否有任何文件，如果没有文件，请检查共享目录的设置与Linux账户的配置。
2.查看“共享文件夹（Shared folder）”下以“DME_”开头的文件夹，在其中找到“NlmeRemote.LOG”文件，打开它了解报错的信息。
3.有时也可查看Windows端上Phoenix软件的Log日志尝试获取报错信息（在Phoenix菜单栏依次点击“帮助（Help）”→“查看日志（View Logs）”）。

6.小结
通过上述的步骤，用户可以轻松的配置出一个可供使用的远程计算平台(该平台包含1台Linux计算机，2个计算核心)，核心的数量可根据实际的计算机核心数进行调整，以充分发挥计算机的性能。
除了上述的配置方法外，用户也可更具自身的需求额外安装MPI组件，TORQUE任务调度组件等来扩展远程计算平台的性能与规模，使更多的计算机和计算核心被纳入进来。

往期回顾

点击上图进入上期精彩回顾：Phoenix NLME远程linux计算节点概述

参考文献

《Phoenix Framework Guide》
《Phoenix NLME User's Guide》

关于我们
源资信息科技（上海）有限公司成立于2008年5月，公司以协助国内材料、化工、药物开发等行业领域的发展为宗旨，以全球视角的创新理念，为生物研究、制药研发、材料研发、临床试验设计、数据分析，以及企业信息化管理和质量管理等各个领域提供连贯整合性平台解决方案，成为创新信息技术于整合资讯管理的知识领航者。

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Phoenix WinNonlin产品链接：
http://www.tri-ibiotech.com/pharsight/product_90.html
Phoenix NLME产品链接：
http://www.tri-ibiotech.com/pharsight/product_93.html
Phoenix IVIVC产品链接：
http://www.tri-ibiotech.com/pharsight/product_94.html

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Pirana产品链接：
http://www.tri-ibiotech.com/pkpd/product_112.html

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http://www.tri-ibiotech.com/pkpd/product_67.html

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