一个函数打天下,einsum

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转载自知乎专栏:技术部落联盟
https://zhuanlan.zhihu.com/p/71639781
已获作者授权,请勿二次转载

einsum全称Einstein summation convention(爱因斯坦求和约定),又称为爱因斯坦标记法,是爱因斯坦1916年提出的一种标记约定,简单的说就是省去求和式中的求和符号,例如下面的公式:


以einsum的写法就是:


后者将
符号给省去了,显得更加简洁;再比如:

(1)

(2)
上面两个栗子换成einsum的写法就变成:

(1)

(2)

在实现一些算法时,数学表达式已经求出来了,需要将之转换为代码实现,简单的一些还好,有时碰到例如矩阵转置、矩阵乘法、求迹、张量乘法、数组求和等等,若是以分别以transopse、sum、trace、tensordot等函数实现的话,不但复杂,还容易出错
现在,这些问题你统统可以一个函数搞定,没错,就是einsum,einsum函数就是根据上面的标记法实现的一种函数,可以根据给定的表达式进行运算,可以替代但不限于以下函数:
矩阵求迹:trace求矩阵对角线:diag张量(沿轴)求和:sum张量转置:transopose矩阵乘法:dot张量乘法:tensordot向量内积:inner外积:outer
该函数在numpy、tensorflow、pytorch上都有实现,用法基本一样,定义如下:
  1. einsum(equation, *operands)
复制代码
equation是字符串的表达式,operands是操作数,是一个元组参数,并不是只能有两个,所以只要是能够通过einsum标记法表示的乘法求和公式,都可以用一个einsum解决,下面以numpy举几个栗子:
  1. # 沿轴计算张量元素之和:c = a.sum(axis=0)
复制代码
上面的以sum函数的实现代码,设
为三维张量,上面代码用公式来表达的话就是:


换成einsum标记法:


然后根据此式使用einsum函数实现等价功能:
  1. c = np.einsum('ijk->jk', a)# 作用与 c = a.sum(axis=0) 一样
复制代码
更进一步的,如果
不止是三维,可以将下标
换成省略号,以表示剩下的所有维度:
  1. c = np.einsum('i...->...', a)
复制代码
这种写法pytorch与tensorflow同样支持,如果不是很理解的话,可以查看其对应的公式:


  1. # 矩阵乘法c = np.dot(a, b)
复制代码
矩阵乘法的公式为:


然后是einsum对应的实现:
  1. c = np.einsum('ij,jk->ik', a, b)
复制代码
最后再举一个张量乘法栗子:
  1. # 张量乘法c = np.tensordot(a, b, ([0, 1], [0, 1]))
复制代码
如果
是三维的,对应的公式为:


对应的einsum实现:
  1. c = np.einsum('ijk,ijl->kl', a, b)
复制代码
下面以numpy做一下测试,对比einsum与各种函数的速度,这里使用python内建的timeit模块进行时间测试,先测试(四维)两张量相乘然后求所有元素之和,对应的公式为:


然后是测试代码:
  1. from timeit import Timerimport numpy as np# 定义两个全局变量a = np.random.rand(64, 128, 128, 64)b = np.random.rand(64, 128, 128, 64)# 定义使用einsum与sum的函数def einsum():    temp = np.einsum('ijkl,ijkl->', a, b)    def npsum():    temp = (a * b).sum()# 打印运行时间print("einsum cost:", Timer("einsum()", "from __main__ import einsum").timeit(20))print("npsum cost:", Timer("npsum()", "from __main__ import npsum").timeit(20))
复制代码
上面Timer是timeit模块内的一个类
  1. Timer(stmt, setup).timeit(number)    # stmt: 要测试的语句    # setup: 传入stmt的运行环境,比如stmt中要导入的模块等。    # 可以写一行语句,也可以写多行语句,写多行语句时要用分号;隔开语句    # number: 执行次数
复制代码
将两个函数各执行20遍,最后的结果为,单位为秒:
  1. einsum cost: 1.5560735npsum cost: 8.0874927
复制代码
可以看到,einsum比sum快了几乎一个量级,接下来测试单个张量求和:


将上面的代码改一下:
  1. def einsum():    temp = np.einsum('ijkl->', a)    def npsum():    temp = a.sum()
复制代码
相应的运行时间为:
  1. einsum cost: 3.2716003npsum cost: 6.7865246
复制代码
还是einsum更快,所以哪怕是单个张量求和,numpy上也可以用einsum替代,同样,求均值(mean)、方差(var)、标准差(std)也是一样

接下来测试einsum与dot函数,首先列一下矩阵乘法的公式以以及einsum表达式:




然后是测试代码:
  1. a = np.random.rand(2024, 2024)b = np.random.rand(2024, 2024)# einsum与dot比较def einsum():    res = np.einsum('ik,kj->ij', a, b)def dot():    res = np.dot(a, b)print("einsum cost:", Timer("einsum()", "from __main__ import einsum").timeit(20))print("dot cost:", Timer("dot()", "from __main__ import dot").timeit(20))# einsum cost: 80.2403851# dot cost: 2.0842243
复制代码
这就很尴尬了,比dot慢了40倍(并且差距随着矩阵规模的平方增加),这还怎么打天下?不过在numpy的实现里,einsum是可以进行优化的,去掉不必要的中间结果,减少不必要的转置、变形等等,可以提升很大的性能,将einsum的实现改一下:
  1. def einsum():    res = np.einsum('ik,kj->ij', a, b, optimize=True)
复制代码
加了一个参数optimize=True,官方文档上该参数是可选参数,接受4个值:
  1. optimize : {False, True, ‘greedy’, ‘optimal’}, optional
复制代码
optimize默认为False,如果设为True,这默认选择‘greedy(贪心)’方式,再看看速度:
  1. einsum cost: 2.0330937dot cost: 1.9866218
复制代码
可以看到,通过优化,虽然还是稍慢一些,但是einsum的速度与dot达到了一个量级;不过numpy官方手册上有个einsum_path,说是可以进一步提升速度,但是我在自己电脑上(i7-9750H)测试效果并不稳定,这里简单的介绍一下该函数的用法为:
  1. path = np.einsum_path('ik,kj->ij', a, b)[0]np.einsum('ik,kj->ij', a, b, optimize=path)
复制代码
einsum_path返回一个einsum可使用的优化路径列表,一般使用第一个优化路径;另外,optimize及einsum_path函数只有numpy实现了,tensorflow和pytorch上至少现在没有

最后,再测试einsum与另一个常用的函数tensordot,首先定义两个四维张量的及tensordot函数:
  1. a = np.random.rand(128, 128, 64, 64)b = np.random.rand(128, 128, 64, 64)def tensordot():    res = np.tensordot(a, b, ([0, 1], [0, 1]))
复制代码
该实现对应的公式为:


所以einsum函数的实现为:
  1. def einsum():    res = np.einsum('ijkl,ijmn->klmn', a, b, optimize=True)
复制代码
tensordot也是链接到BLAS实现的函数,所以不加optimize肯定比不了,最后结果为:
  1. print("einsum cost:", Timer("einsum()", "from __main__ import einsum").timeit(1))print("tensordot cost:", Timer("tensordot()", "from __main__ import tensordot").timeit(1))# einsum cost: 4.2361331# tensordot cost: 4.2580409
复制代码
测试了10多次,基本上速度一样,einsum表现好一点的;不过说是一个函数打天下,肯定是做不到的,还有一些数组的分割、合并、指数、对数等功能没法实现,需要使用别的函数,其他的基本都可以用einsum来实现,简单而又高效

之后经过进一步测试发现,优化反而出现速度降低的情况,例如:
  1. def einsum():    temp = einsum('...->', a, optimize=True)def test():    temp = a.sum()
复制代码
上面两中对数组求和的方法,当a是一维向量时,或者a是多维但是规模很小是,优化的einsum反而更慢,但是去掉optimize参数后表现比内置的sum函数稍好,我认为优化是有一个固定的成本
还有一个坑需要注意的是,有些情况的省略号不加optimize会报错,就拿上面的栗子而言:
  1. np.einsum('...->', a, optimize=True)   # 正常运行np.einsum('...->', a)   # 报错
复制代码
很无奈,试了很多次,不加optimize就是会报错,但是并不是所有的省略号写法都需要加optimize,例如:




使用省略号实现上面两个公式并不需要加optimize,能够正常运行
  1. np.einsum('i...->...', a)   # 正常np.einsum('...,...->...', a, b)   # 正常
复制代码
但是如果碰到下面的公式:


上式表示将a除第一个维度之外,剩下的维度全部累加,这种实现就必须要加optimize
  1. np.einsum('i...->i', a, optimize=True)   # 必须加optimize,不然报错
复制代码
再举一个栗子:
  1. c = (a * b).sum()# 如果不知道a, b的维数,使用einsum实现上面的功能也必须要加optimizec = einsum('...,...->', a, b, optimize=True)
复制代码
总结一下,在计算量很小时,优化因为有一定的成本,所以速度会慢一些;但是,既然计算量小,慢一点又怎样呢,而且使用优化之后,可以更加肆意的使用省略号写表达式,变量的维数也不用考虑了,所以建议无脑使用优化。

(完)




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