谢邀。
第一梯队的学校的话，应该是默认的四大，MIT, UCB，Stanford, CMU.
第二梯队的学校的话，应该有UIUC，Cornell, UWashington, Princeton, GIT, UT-Austin, CIT，UCLA这些top15以内的学校。
首先如果作为本科生申请四大的PHD的话，题主第一要保证大学四年的GPA高高的，这里说的高是3.8,3.9,4.0这种高。每年申请这种塔尖儿学校的海本的大陆本清北复交的满G的人成千上百，本科背景申请录取到四大的都是学霸型的人物，都是院系里排名top一二的。因为确实是人才济济的申请基数呀，所以题主首先要保证GPA相当漂亮。
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然后说道TOEFL和GRE，对于学校背景很好的申请者，GRE的话，学校就不会特别看重，只要达标了，320+，数学部分分数好，verbal部分低一点儿 学校也不会介意。TOEFL是考察语言能力的 ，能达标105+学校也不会去衡量很多，确定你语言能力没问题就pass了。
接下来重头戏就是科研了，申请PHD最重要的就是科研，科研，科研。
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作为一个本科生可以参与到科研项目中还是有一些难度的，只有真正有专业潜力和实力的才能进入一些比较好的项目，然后因为PHD就是做科研啊，那么学校只能通过你已有的科研经历和背景来考量申请者有没有科研能力，科研潜力，这个科研经历并不一定是你需要有发表论文，甚至是一定研究出了什么成果，因为有的成果是要几年时间才能做出来的（当然真正优秀的也确实是都发表了很有份量的论文）。
但是学校希望看到的或者至少你能让学校信服，你知道做科研是什么样子的，如果你没有做过科研，你不知道做research是什么样子的，那学校是不敢要你的，既看不到你会不会做科研，也看不到你能不能做科研。
因为6年的PHD就是在做科研啊，不是跟MS硕士学位似的以上课class为主，PHD6年可能就只上10门课，其他的时间都是在做科研，那么孩子有没有self-motivated, strong research potential, own initiative, independent, and driven这些读PHD的潜质，学校只能通过你的科研经历和科研背景来考核衡量。所以科研是申请PHD最重要的。
从以往的申请经验可以看到，被这些顶级CS 博士项目录取的申请者，都具备非常优秀的科研背景，都有顶会顶刊的一作发表论文至少一篇，一般来看是多于一篇的，所以这个是能直接看到的科研成果。
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还有一个非常重要的点就是牛推，能够拿到大牛老师的推荐信，而且是强推其它基本可以无视了。不过前提真得是业内有名的大牛。以往录取经验看，这个也算是标配了。
另外需要说的是，如果题主本科期间无法get到非常优秀的科研背景，也可以先申请MS学位的CS项目，毕竟是否真的能够在PHD这条路上走下来，也是需要题主慢慢确认自己方向的。另外先读MS学位，在科研背景方面也会有进一步提升，相对于本科直接申请顶级项目的全奖PHD来说难度还是会相对小一些。
最后题主说的留在湾区的话倒未必非得是申请到了这种顶级项目才能留下的。这种顶级项目的就业当然是百分百的没什么问题的就业率。但是如果仅仅是在湾区留下工作这个目标的话，其实难度没有那么大。硕士项目的CS也是可以达到的。
这里附上CMU 前Head of the PhD program Professor Mor Harchol-Balter 的一篇文章供参考，可以一窥美国顶级CS PHD项目的一些招生倾向。
https://www.cs.cmu.edu/~harchol/gradschooltalk.pdfProfessor Mor Harchol-Balter的个人网页
Mor Harchol-Balter's Homepage![]()
希望我的回答对题主有帮助~
以上。
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