[软件使用 2] HOMER安装和使用攻略，如何获取Motif?

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 15088136258  2022-6-3 08:46  11729  12

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w5dvlz 1级新秀 | 2022-6-3 08:47:31 发帖IP地址来自北京

你好，我想问一下为啥我得到了motif html里面没有motif的logo啊？其余都有，是哪一步不对么还是需要用额外的软件？

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lnbp 1级新秀 | 2022-6-3 08:48:10 发帖IP地址来自北京

你好，有相关的R包可以实现motif的寻找吗？

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hkxr5 1级新秀 | 2022-6-3 08:48:48 发帖IP地址来自北京

可以查看这篇文章，里面列出了各种找 motif 的软件：https://biologydirect.biomedcentral.com/articles/10.1186/1745-6150-9-4。
另外，就我所知有 motifmatchr 这个包（但没用过），你可以试一试看哪个最符合你的需求，祝好~

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leons 1级新秀 | 2022-6-3 08:49:33 发帖IP地址来自山西晋中

谢谢，我看看

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k5af5 1级新秀 | 2022-6-3 08:50:03 发帖IP地址来自中国

您好，我在做注释的时候显示Can't locate HomerConfig.pm in @INC，这要怎么办呀

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n81mo 1级新秀 | 2022-6-3 08:50:24 发帖IP地址来自中国

可能是你的浏览器不兼容？使用Homer不需要额外的软件。

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vapws 1级新秀 | 2022-6-3 08:51:21 发帖IP地址来自北京

话说，我在网上看size好像是search的size，也就是说你要在peak 中央多大的region去search motif，而不是motif长度…比如说-size given就是说这个bed file给出什么坐标就把所有碱基对都用上找kotif…当然也可能是我理解错了也说不定？

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18563949688 2级吧友 | 2022-6-3 08:51:46 发帖IP地址来自湖北

-size 指搜索 motif 的区域大小；-len 指定 motif 的搜索长度。可能不小心写错了哈哈[捂脸]

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国泰君安 1级新秀 | 2022-6-3 08:52:12 发帖IP地址来自北京

非专业的真的好难看懂[大哭][大哭][大哭][大哭][大哭][大哭]
有视频讲解吗

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5t7xxz 1级新秀 | 2022-6-3 08:52:47 发帖IP地址来自北京

我也遇到了这个问题，大概是安装的时候路径配置的不对。大概重装可以解决。

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frx6791 1级新秀 | 2022-6-3 08:53:44 发帖IP地址来自上海

那怎么设置size，转录共调节因子的peak，peak平均长度400bp这个size怎么设置比较好谢谢

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吴宇管理员 伦敦金丝雀码头交易员 | 2022-6-3 08:53:59 发帖IP地址来自北京

有没有Homer Pro的license可以分享一下[捂脸]

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