1、最基本的分类是按照治疗手段，分为内科外科，以及与之平行的针对特定人群的妇产科和儿科，但这个分类不涵盖所有科室，有的医院以手术科室、非手术科室划分，也比较好。· 外科顾名思义，以手术治疗为基础，以及衍生出的各种外科治疗，没有手术的科室不能称为外科，但外科也非只做手术，还有很多其他治疗手段，一般需要进行手术评估的才在外科住院； · 内科，以药物治疗为基础，以及其他外科没有涵盖到的方面，而随着医学发展，也有很多手术为是由内科完成，比如心内科等都越来越倚重的介入，也算一种手术；以及使用内镜进行诊断和治疗的，典型的消化内科的胃镜、ERCP等，内外科的界限将来不会那么分明，但内科的类手术操作不在手术室中完成，而有专门的单元。 · 妇产科，针对女性独有的问题，女性生殖系统、内分泌、妊娠、生产、计划生育以及胎儿等等。 · 儿科学，更靠近内科一些，针对新生儿至青少年时期的健康问题，但有些太过专科的情况需要专科解决，比如一些复杂的先天畸形的外科矫治。 · 其他，一般不划入以上的，口腔医学，通常与临床医学并立，但出于完善学科，多数医院会涵盖之，以及耳鼻喉科、眼科、老年、神经、精神、皮肤等等，在这些科室中有内科或/和外科的特点，但一般不归入。
· 骨科。骨关节肌肉运动系统，含脊柱。外科治疗为主。颅骨不在内。 · 神经外科（脑外科）。主要负责中枢神经系统（脑、脊髓）的外科治疗。 · 胸外科、心血管外科。有的医院是胸心外科，有些分开。主管胸腔内疾病，包括肺、食管、心脏、胸腔内大学管、前后纵隔等等。 · 泌尿外科。泌尿生殖系统问题的外科治疗，肾上腺、肾、输尿管、膀胱、前列腺、尿道、睾丸等，至男性外生殖器。 · 烧伤科、整形科。同样，有的合并，有的分开。体表损伤、肿瘤、畸形等的治疗、修复、重建，另外就是整形美容。 · 普外科。上述科室未能涵盖的常见外科问题。这个不同医院差别很大，学科规模小的就一个普外科，学科完善的分的很细。概括来说：腹部的，肝、胆囊胆道、胰脏、脾脏、胃、大小肠直肠肛管，各种原因的腹内炎症、血肿，腹部和四肢的血管淋巴管，乳腺，甲状腺，等等，随便挑几个组合能成立一个科室。一般常见的，肝胆（胰脾）外科，胆道外科，胃肠外科、肛肠外科，血管外科，甲状腺外科，乳腺外科等。 · 小儿外科。基本上是小儿方面的普外、骨科、泌尿。 · 消化内科。消化系统，包括肝胆胰。多属“肚子里的问题”，当然也不全是。还有内镜、消化系统疾病的介入。 · 肾脏内科。科如其名，管肾。 · 心血管内科。循环系统。也是介入手术发展最好的领域，冠状动脉支架、射频消融、起搏器、先天性心脏病等，从前心脏外科治疗的疾病现在很多内科可以通过介入开展。 · 呼吸内科。呼吸系统。 · 血液内科。血液造血系统的非感染性疾病。 · 内分泌科。内分泌、代谢系统。以各激素调节轴的异常为主线，常见糖尿病、骨质疏松、甲亢、垂体疾病等等。 · 风湿免疫科。（主要是结缔组织的）自身免疫疾病。但如果涉及其他器官系统的严重问题，则在相应专科治疗，如狼疮肾病到肾内科。 · 变态反应/过敏反应科。有的医院有，把一些难治的局限的变态反应性疾病独立出来治疗，如鼻炎、哮喘。 · 感染/传染科。感染性疾病、传染性疾病，有的医院为了避免传染，将传染性疾病单独设区管理。各种病原体感染引起的疾病，且不局限或难诊治的。 · 神经内科。有明确的神经系统器质性病变的疾病。脑血管疾病（如缺血卒中）、癫痫、运动障碍（帕金森等）、神经肌肉疾病、头痛。。范围很广。 · 肿瘤（内）科。针对不能外科治疗，或外科治疗前后的肿瘤。治疗手段以放疗和化疗为主。靶向治疗如火如荼。有的医院也开展一些肿瘤的介入治疗。 · 肿瘤（外）外。有的医院有，更强调肿瘤的纵向的综合诊疗。 · 耳鼻喉科。规模小的医院把口腔也并入，叫五官科。除了管耳鼻喉外，也管头颈部的其他科没有涵盖的内容。 · 眼科。眼及附属器官的问题。 · 口腔科。这个差别也很大，规模大的可以单独成立医院，规模小的并入五官科。口腔及颌面部的内科、外科、正畸、修复等等。 · 精神科/心理医学科。名字很多，毕竟很多人不承认自己有精神、心理问题。各种不能针对器质性病变进行治疗的精神、心理问题。从抑郁躁狂、焦虑，到睡眠障碍，到精神分裂，到各种“心结”。 · 皮肤（性病）科。体表的内科问题。 · 疼痛科。有的医院有，且归属各不同。各种难治性疼痛。 · 妇产科、儿科见上。 · 其他还有很多科室，但较少面对门诊患者，在此略过。
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