如何解读美国《Science》杂志最新论文,通过感染奥密克戎 ...

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slnv   2022-6-16 14:49   5789   5
6月14日,美国《Science》杂志新鲜出炉的一篇论文。


一出来,就成了焦点,推主页都在发这篇paper。
能引起如此大注意力,是它的内容,似乎宣布了群体免疫的失败。
因为通过感染,不会得到免疫保护,反而是削弱,可能会损害对未来变异的反应。
想通过感染增强免疫力,会更容易被感染。
用台湾的话说,不仅得不到无敌的星星,免疫力还变弱了……
可能还不如没有感染过的人。
而T细胞呢?过去的认知里,T细胞对病毒的适应和逃逸要强大得多。但不幸的是,这项研究表明,T细胞反应也受到奥密克戎的巨大影响。
奥密克戎似乎能很好的避开T细胞的反应。
我不是生物专业的,虽然日常关注各国的情况,但只会总结大白话,专业性的解读,还是想听听各位生物答主们的看法。
各位 怎么看?

参考:
https://www.science.org/doi/10.1126/science.abq1841
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2#
l5jzd  1级新秀 | 2022-6-16 14:49:44 发帖IP地址来自 福建
泻药。
这篇论文出现以后确实引发了很多震动,但不知道为啥好像局限在了特定圈层,昨天我还特意在知乎上查了没有相关的问题,就放弃了写一写的念头。
但没想到题主这么认真的在提问,感觉还是要写一点啥。根据题主的要求,我也尽量大白话的解读一下。
首先捋一捋我们以前的一些研究,我们目前针对于新冠病毒有许多的研究发现,这些研究有的是在临床中寻找规律,有的是解读病毒基因组变异,从基因层面寻找问题,也有的是根据当地的社会环境和防疫措施,从流行病传播的角度进行研究。
但这些研究都因新冠病毒出现的整体时间不长,研究不够充分,存在一些局限性,同时因为各种变异毒株出现的时间更短,所以局限性可能会更高,甚至包括这篇Science的文章也存在着类似的情况。
之所以把这么长一段话写在前边,就是想告诉大家,我们现在对于新冠病毒仍然处于研究阶段,还有很多问题没有搞清楚,我们对于这种病毒的认识还是在动态变化之中。
这些情况就造成了我们对于新冠病毒的认知不可避免的出现了很多偏差。
比如对于Omicron毒株的一些认知。
我们的多项研究都似乎表明,Omicron毒株的致死率出现了显著的下降,比如康奈尔大学的一项研究显示,新冠病毒的病死率从Delta的5.3%,下降到了0.9%,而英国年初的数据显示,Omicron的死亡风险比原有的毒株下降了67%。
这些数据似乎都在说明,新冠病毒的Omicron毒株的威胁下降了,我们似乎可以度过这次难关了。
然而就像我说的,很多研究是存在局限性的,而且很多局限性是不可以避免的。
就拿Omicron毒株的数据来说,Omicron毒株的病死率的下降,固然跟它的嗜肺性下降存在关联,但不可忽视的是,Omicron毒株在传播的时候的客观情况跟alpha还有delta这样的毒株的客观情况有了显著的变化。
第一就是疫苗的广泛接种。哪怕像美国这样的接种率算是比较低的国家,也完成了60%多的2针接种。
第二就是,不能忽略之前的感染和死亡群体。在之前的其他新冠毒株流行期间,大量的易感人群,或者说易危人群已经感染或者死亡,大家可以理解为自然选择过一遍,而幸存者要不是具有良好的卫生习惯和卫生环境,要不是体质好成功的扛过去了。
Omicron在传播的时候其实面临的就是这样一种情况,大部分人群接种过,或者感染过病毒,体内有一定的抗体抵抗能力,所以它带来的致死率下降似乎也可以理解。
但,不能忽视的是,即便这样的条件下,Omicron毒株造成的总死亡人数,在今年上半年,就超过了delta带来的死亡人数的总和。
这似乎显得并不合理。为什么一种流传的病毒的杀伤力下降了,反而造成的后果更为严重了呢?
这里边除了要考虑病毒的病死率下降的的情况下,还不能不考虑病毒的传播力得到了质一样的提升。
从Omicron毒株出现,我们就观察到它的传播能力显著增强,而从BA.1,到BA.2和BA.3,在到后边出现的BA.2.3还有BA.2.12.1还有BA.4和BA.5,R0在原本就上升到极高的状态下又进一步提升。
最早原始毒株的R0在3左右,Alpha比原始毒株大概高了30-50%,而Delta就更高,奔着7去了。而当Omicron的BA.1出现的时候就奔着8了,BA.2要更高,达到了10-12,而BA.2下的新变异毒株BA.2.12.1的则更高,甚至某些科学家推测它的R0接近了15.
那这是一种什么概念呢?新冠病毒的原始毒株的扩散能力大概比西班牙大流感和季节性流感高一些,还比不上SARS。
然后呢?就随着各种变异,在传播能力上一骑绝尘,Alpha超过了SARS,delta就追着天花去了,Omicron已经超过了水痘,而BA.2.12.1这个出类拔萃的已经追上了麻疹,成为了人类已知的传播力最强的病毒之一。
那么后果呢?就是虽然致死率降下来了,但是因为有更更更多的人被感染了Omicron毒株,导致死亡人数反而增加了。同时因为更更更多的人感染,导致对医疗系统的冲击更更更大了,以至于本来能得到救治的其他疾病的病人因为缺乏医疗资源而死亡,所以Omicron带来的超额死亡数字更为夸张。
但,即便是这样,还是有很多乐观的共存派认为,Omicron可能是上帝送来的圣诞礼物。因为它的超强传播性和较低的病死率,似乎可以作为一种减毒疫苗来使用,使得更多的人体内携带上新冠的抗体,从而降低了新冠病毒的传播,最后终结全球大流行的局面。
这个从基础的免疫学角度来说,似乎是一个可以理解的思路。
先不说如果给人类接种致死率还有0.9%或者更低的“减毒疫苗”会不会被枪毙,假设,这个减毒疫苗真的有效,也算是在付出了足够的“代价”之后,人类或许有了点收获。
但是,从后续的研究来看,这个想法过于一厢情愿了。
目前这个愿景遭到了致命三连。
首先研究发现,不同毒株的疫苗的交叉保护情况并不一样。
从原始毒株疫苗,Delta毒株疫苗和Omicron毒株疫苗的三种疫苗引发的抗体保护能力来看,各种毒株的疫苗的保护力针对对应毒株最好,针对其他的毒株保护能力下降很多,比如我们接种最为广泛的原始毒株疫苗,对原始毒株保护能力最好,对Delta毒株的保护力就开始下降,对Omicron毒株保护力急速下降。
但让人难以理解的是,Omicron毒株的疫苗看起来只针对Omicron毒株有效,对原始毒株和Delta毒株都是飞速下降。而Delta毒株的疫苗反而不是这样,Delta毒株疫苗对原始毒株和Omicron毒株有下降,但还在可以接受范围之内。
虽然现在Omicron毒株是主流毒株,但Delta病毒并没有完全消失,也就是这种结果给了我们另一个不好的预期,虽然我们前边知道因为Omicron毒株的超强逃逸能力,感染过Delta毒株的人的抗体对Omicron毒株效果不大,可能会被Omicron毒株二次感染,但这个似乎反过来也成立,就是单纯的感染过Omicron毒株的人,在痊愈后似乎是可以被Delta毒株二次感染的。注意这里提到的是单纯感染Omicron毒株的人群,如果你之前接种过疫苗或者被Delta毒株感染过情况并不相同。
那么,我们是不是可以认为感染过Omicron毒株的人,最少在Omicron面前具备一定自保能力呢?
第二连击来了,研究发现,OmicronBA.1毒株产生的抗体,并不能有效的对抗正在上升期的BA.2.12.1和BA.4以及BA.5,也就是说,Omicron内部的不同毒株类型的抗体,似乎也不通用了。虽然当时的研究者是想警示大家,BA.1的疫苗对BA.4这样毒株效果不行,但反过来也是说,感染了BA.1毒株的人群,依然会被BA.5这类的毒株二次感染。当然南非和美国现在已经向大家证实了这一点。
那最后的希望在于,通过频繁的感染,是不是最少能维持体内抗体和免疫T细胞的高活性,避免一些严重的情况呢?这基本已经是共存理念的最后的防线了。但,就这个防线,也遭遇了第三连击。
也就是前天发表在Science上的这篇文章。
这篇帝国理工及英国几个相关的医疗机构的研究结果发现,首先再次证实了,连击1和2,也就是现在的疫苗对Omicron毒株的中和能力很弱,同时即便感染了Omicron毒株,它也没有起到减毒疫苗的作用,对Omicron的突变毒株依然中和能力非常弱。
如果说前两个情况还是在大家的意料之中,那第三个研究结果,就确实震惊到所有人了。
Previous Wuhan Hu-1 infection abrogated T cell recognition and any enhanced cross-reactive neutralizing immunity on infection with B.1.1.529.
而这篇文章带来的三杀,是可能我们担忧了很久的ADE,研究发现,在感染过原始新冠股毒株,也就是我们是说的武汉WT野生型毒株的人群,在遭遇Omicron毒株感染的时候,血清中的抗体中和能力和T细胞的免疫应答能力,不但没有上升,反而是下降的。


说实在的对这个结果我是很担心的,我现在都希望这个数据有点啥问题,但最少从文章层面是看不出问题的,而且这是Science上发表的文章,最少同行评议环节大家也认可了。
我为什么担心这个结果呢?现在市面上几乎是见不到野生的WT武汉毒株了,而且感染过最初毒株的那批人也不是很多,仿佛这个研究虽然指出了问题,但问题不是很大。我担心的当然也不是这个因素,而是,我们用的疫苗。
前边提到过,咱们现在接种的疫苗全都是根据原始毒株开发的疫苗。虽然有delta疫苗和Omicron疫苗,但也都仅限于小范围临床试验,而并没有正式的铺开接种。
那问题就来了,接种了WT毒株疫苗的人群,是否会发生文章中提到的情况呢?而且虽然大家都是针对WT毒株做的疫苗,那么S蛋白疫苗,rbd疫苗,完整的灭活疫苗,是否会有着不同的情况呢?
迫切的希望看到类似方向的研究。
3#
ralk  1级新秀 | 2022-6-16 14:49:49 发帖IP地址来自 北京
新冠大流行的一个常见假设是,通过感染病毒,可以获得天然的免疫增强,从而能够更好地识别新的变异病毒,并在未来抵御感染。
而最新的《Science》分析发现,即使在三次接种疫苗的人群中,奥密克戎(omicron)本身对新冠病毒免疫力的增强能力也很差。
omicron并非我们认为的免疫力的天然增效剂,而是一种特别隐蔽的免疫规避者。


在那些接种了三次疫苗并且没有先前感染新冠的人中,omicron感染对以前的变体(Alpha,Beta,Gamma,Delta和野生病毒株)提供了免疫增强,但对omicron本身的免疫力较小。那些在大流行的第一波期间感染的人,以及后来再次感染omicron的人缺乏任何促进作用。
这个与之前的研究结果也相符合。
这也有助于解释为什么爆发和重复感染一直是新冠大流行的共同特征。不过疫苗接种对重症和死亡还是有保护作用的。
论文作者Rosemary Boyton教授说:“感染过omicron并不能有效地提高未来对再次感染omicron的免疫力,这和以往的新冠病毒变体不同。而且还包括BA.4和BA.5在内的omicron亚变体。



SARS-CoV-2 感染史改变了三联疫苗 HCW 中的 Ab 细胞和 B 细胞免疫

疫苗保护
虽然疫苗接种可以预防重症,但感染和再感染对长期健康的影响尚不清楚。目前的研究仅关注接种三针mRNA疫苗接种的个体。
Boyton教授说:“一个令人担忧的问题是,omicron可能会进一步变异成更具致病性的菌株,或者能够更好地克服疫苗的保护作用。在这种情况下,已被感染的人将很难抵御未来的感染。”
4#
xr2yz  1级新秀 | 2022-6-16 14:49:57 发帖IP地址来自 中国
特鲁多和休杰克曼都是半年之内两次感染。
说明:
A.疫苗和感染愈合的抗体没用;
B.疫苗+感染痊愈产生的抗体维持不了半年;
C.感染某一个版本新冠并痊愈而产生的抗体,对另一个版本的新冠无效;
D.疫苗或者痊愈产生的抗体都是存在并且对之前版本新冠有效的,但是O可以逃逸之前的一切抗体免疫,并且感染O无法产生有效抗体。
也就是说特鲁多和休杰克曼有可能是感染了两次O版新冠。

鉴于特鲁多和休杰克曼都是大名人才被报道出来,我们可以合理推测,欧美和新冠太君共存的各国,两次以上的感染已经是常态了。

这也正符合掌门所谓“当你在屋里发现1只蟑螂时,角落里已经有1000只蟑螂在开party了。”
5#
qug0  1级新秀 | 2022-6-16 14:50:43 发帖IP地址来自 北京
共存的想法很简单,就是想一直自由的低质量生活下去。
清零的想法也很简单,就是想通过短时间的不自由,让绝大多数时间都能高质量的活下去。
时代的灰啊
6#
0w7s_n  1级新秀 | 2022-6-16 14:51:27 发帖IP地址来自 北京
其实也没什么嘛。不就是免疫原罪吗。又不是今天才知道。比如疫情哨兵站排帮主早就提过
拍照稀烂帮帮主:[含焦量10.0]原罪这篇文章发现了什么呢?
Just a moment...其实也不复杂。简单说就一句话:
之前对免疫原罪的认知都是在动物模型上的,从人身上得到的结论有限。如今在人身上实锤了。
意外吗?
文章也不用看了,也没什么可翻译的。因为每段的结论都是这样的
Overall, our findings in triple-vaccinated HCW with different previous SARS-CoV-2 infection histories indicated that T cell cross-recognition of B.1.1.529 (Omicron) S1 antigen and peptide pool was significantly reduced.
In summary, B.1.1.529 (Omicron) infection resulted in enhanced, cross-reactive Ab responses against all VOC tested in the three-dose vaccinated infection-nave HCW, but not those with previous Wuhan Hu-1 infection, and less so against B.1.1.529 (Omicron) itself
Taken together with the data shown inFig. 4, the findings show consistently that people initially infected by Wuhan Hu-1 in the first wave and then reinfected during the B.1.1.529 (Omicron) wave do not boost T cell immunity against B.1.1.529 (Omicron) at the level of nAb and T cell recognition.
这篇文章额外的贡献是什么呢?比起拍帮主之前提到的交叉感染实锤,这篇文章附带了一个含焦量略高的信息:
打过疫苗或有过既往感染史的人,再次感染Omicron之后,产生对Omicron本身的免疫也更低。
这句话略绕。说更简单点吧:
打过非O特异性疫苗或感染过非O的人更难产生对O的抵抗力。
再说简单点……就比较难,需要蹲一个数据的实锤。就是O自己的重复感染率。就如同先前发现O的交叉重复感染率更高一样。
Increased risk of SARS-CoV-2 reinfection associated with emergence of Omicron in South Africa (science.org)



上图代表感染。下图为重复感染。O波显著提高。

虽然没有大数据实锤,但加拿大土豆和台湾地区的一个政治人物侯汉廷已经出现今年年内反复感染的情况了。
可为什么会这样呢?太反直觉了。会不会搞错了?
遗憾的是,应该不会……很多证据开始形成逻辑闭环了。比如这篇拍帮主提到时还是预印的文章
mRNA-1273 or mRNA-Omicron boost in vaccinated macaques elicits similar B cell expansion, neutralizing responses, and protection from Omicron - ScienceDirectO特异的加强针效果如何呢?研究者表示,哇,居然有用


NIH真好意思啊……跟着摩德纳做研究这吹唢呐呢吗?


有人就读出了不一样的味道
Omicron Boosters and Original Antigenic Sin | Science | AAAS
A team from the NIAID, Emory, Moderna (and others)has reported results in a primate model for an Omicron-targeted mRNA booster shot that they've been working on, and the numbers are. . .a bit surprising. Macaque monkeys were dosed twice, four weeks apart, with the standard Moderna coronavirus vaccine, and then 41 weeks later one group of them got a booster of the same shot, while another got a booster of the new one with an Omicron variant sequence. Subsequent tests for neutralizing antibody levels, B-cell expansion, and response to a challenge with the Omicron virus itself showed that there was no difference between the two treatments at all.
一个研究团队报导了哺乳类模型接种O特异mRNA加强针的结果,数字……有点令人吃惊。接种两针后用标准疫苗或O特异疫苗加强后,对O的抵抗力差不多。
这“差不多”还算客气呢。感兴趣的自行复习帮主的教诲吧。
为什么会发生这样的现象呢?
就现在的证据看来,可能的原因是O的免疫原性发生了改变。受体结合区的免疫原性变弱,导致机体认为产生的抗体对病毒产生了足够的覆盖而不再产生新的抗体,但事实上这些抗体结合的区域并不产生中和效果。最新的这篇文章中给出了一些这个方向的线索,这里就不再赘述了。感兴趣的自己读一下吧。
还有基于人工智能的结构研究指向这个方向
Reduced antigenicity of Omicron lowers host serologic response - PMC (nih.gov)当然,以现在的证据强度来看,这个方向依然只能说强烈提示。距离不可动摇的实锤还差了那么一点。最强的实锤可能就是O本身的重复感染率。这个数字出来就可以宣告群体免疫的彻底破产了。医学界已经有一些比较有趣的声音出现。比如
Are variant-specific vaccines warranted? | Nature Reviews Immunology
Given the uncertainty around potential new variants, broad protection may be preferable to variant-specific protection.
作者认为O特异性疫苗效果不好,还不如用原本的疫苗继续加强。
可是你自己想一想,如果原本的疫苗效果足够好,为什么要开发O特异的疫苗呢?就是因为O的免疫分化已经非常明显。现在发现O特异的疫苗和感染都没救了,干脆回去抱着老疫苗?
这不就是另一种躺平吗?
还有这位
Covid-19 Boosters — Where from Here? | NEJM这位非常清楚地认识这种疫苗的问题,所以产生了如下暴论:
People are now confused about what it means to be fully vaccinated. It is easy to understand how this could happen. Arguably, the most disappointing error surrounding the use of Covid-19 vaccines was the labeling of mild illnesses or asymptomatic infections after vaccination as “breakthroughs.” As is true for all mucosal vaccines, the goal is to protect against serious illness — to keep people out of the hospital, intensive care unit, and morgue. The term “breakthrough,” which implies failure, created unrealistic expectations and led to the adoption of a zero-tolerance strategy for this virus. If we are to move from pandemic to endemic, at some point we are going to have to accept that vaccination or natural infection or a combination of the two will not offer long-term protection against mild illness.
人们现在仍没明白完整接种是什么意思。发生这种事是很容易理解的。有关新冠疫苗最令人失望的错误就是将接种后的轻症或无症状感染称为“突破性感染”。所有的粘膜疫苗都一样,目标是保护重症,不让人住院,进ICU,然后死翘翘。“突破性感染”这个词暗示着“失败”,造成了不切实际的期待,并导致了清零政策。如果我们想要终结大流行,我们需要在某个时间开始接受疫苗和或感染甚至不能长期对轻症提供保护这一现实。
看看,看看,脸都不要了。当初可不是这么说的啊。而且你说的清零到底是指谁?世界上曾经和仍在执行清零政策的都是依靠免疫配合物理防御。单独依靠免疫防疫这一策略从一开始就没有成功的希望。从你不想承认的“突破性感染”开始。如果你认为只靠疫苗,然后放飞这叫清零,这才是真正的误解呢。

总而言之,现实就是这么魔幻。研究没有发现什么太新的东西。真正的新东西应该在自然界中酝酿中。继续传播,就会继续进化,继续探索。探索适性的巅峰(感兴趣的请参考新冠病毒最终会变异成啥样? - 知乎 (zhihu.com))



图片来自https://www3.beacon-center.org/blog/2012/10/08/evolution-101-fitness-landscapes/

现在越来越多证据证实了新的进化方向是免疫逃逸。而且免疫原罪会造成非中和区域的高度保守和中和区域的高度分化,这就会加速免疫逃逸的进化速度。一旦形成完全分化,传播力本身就会回到选择压力中。
悲观的是,如果到了这一步,我们可能连免疫的武器都没有了。只能重新回到物理防疫了。

还是那句话。悲观主义者是希望被打脸的,抽肿了才好。这意味着不管是人类自己的努力还是自然界中我们没有发现的规律是对全人类有利的。
遗憾的是,这些都不以人的意志为转移。一厢情愿是没有用的。以我们现在可以看到的人的态度,这一切还没有结束的迹象。
所以啊,放弃幻想,艰苦奋斗吧。各种意义上的。
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