全基因组测序数据获取后应该怎么分析？

利用生物信息学获取的全基因组测序的数据，怎样进行挖掘，以获取原创者未发现的信息并寻找生物学的意义？

刘宁 · 2018-10-15 23:20:13

Google scholar "whole genome sequencing"

不过WGS多数是找SNPs

1024号日系家用控 · 2018-10-15 23:20:12

目前基因组分析都是基于 “比较”，这就意味着需要对应的“数据库”，通过比较数据库获知信息。要找到新的信息，就要有新的“数据库”。题主可以从“数据库“着手。

阿桃子 · 2018-10-15 23:20:11

知乎什么时候变成百度作业帮了？后者还知道给悬赏。

匿名用户 · 2018-10-15 23:20:10

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三团无梦生 · 2018-10-15 23:20:08

你需要明确你最终要得到什么输出。
如果想用你现有的数据建模型进行诊断或预测，出门左拐生统和机器学习。
如果想用你现有的数据注释新的基因，出门右拐自然语言处理与基因组组装。
如果想用你现有的数据找疾病相关的基因／通路／网络，出门直走差异表达分析。

然而首先你得有一架跑得起来的服务器，
其次，你得有自己看文献、不做伸手党的态度，
最后，如果刚开始接触NGS，建议先从某一类数据（比如RNA-seq）入手，吃透一类前不要动其他数据，不然做出来全是type I error时你是真的会哭的。

最后的最后，希望题主明白，一个领域的入门不在知乎，你想知道的一切都应在文献和书中寻找，不久后你就会知道，往知乎上贴code是不会有人帮你debug的，嗯。

Xi Yang · 2018-10-15 23:20:07

问题太泛了。
你的实验设计是什么？测的什么物种？主要期望做哪方面工作？

王乐珩 · 2018-10-15 23:20:06

到淘宝上搜索“基因测序”、“数据分析”、”培训“等关键词，组合和过滤搞好了，可以找到很物美价廉的一线培训和教材。例如这个NGS生物信息分析（封皮精装）

最后是广告时间（求不折叠）。我们团队在招生物信息人才，提供互联网级别的工资和期权，欢迎投简历，具体信息参考 GeneDock 也欢迎推荐，成功入职后奖励推荐人iPhone或DJI大疆无人机。

王理中 · 2018-10-15 23:20:05

怎么讲呢，学会提问了，问题就解决了一半。
先定义问题，问题「是什么」，在你的认知范围里第一时间想到什么「关键词」，google、wiki一下关键词，向上和向下「衍生出来哪些内容」，然后结合你自己的「实践」提出真正的问题。

这样起码你提问的时候提前「预习」了，不然总是问「应该怎么」的问题，哪怕是别人回答好了也对你帮助不大吧。

我感觉在知乎，比较合适的问题是关于「看法」和「掉坑的经验分享」这一类价值判断、没有什么很硬的对错的东西，而不是偏硬的「知识」。

全基因组测序数据获取后应该怎么分析？

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