谢邀。每到春夏之时，花粉过敏都会让很多人又难受又烦心，擤鼻子、咳嗽、眼睛痒。
传统的理论是：一些免疫学家认为过敏是仅是一种'misdirected’的身体反应，本来这种身体反应应该是针对寄生虫的，却因人而异对花粉和花生起了反应。
有人可能要问，那这样讲，花粉过敏、花生过敏这些disrected身体反应是对进化没有优势的咯？
也不是。还是有进化优势的：过敏可以将任何存在于这些过敏原的有害物质，通过擤出来的鼻涕和咳嗽、眼泪及时地排出体外。
新理论：寄生生虫和这些常见的过敏原并不相似，所以传统理论无法解释过敏的存在意义。摘自于耶鲁大学的Ruslan Medzhitov在Nature里发表的一篇论文：
How do you defend against something you inhale that you don't want? You make mucus. You make a runny nose, you sneeze, you cough. Or if it's on your skin, by inducing itching, you avoid it or you try to remove it by scratching it.
怎样抵御你刚吸入的有害物质？用粘液。【粘液是人体的粘膜内层分泌出来一种液体，一般比较浓稠，有抗菌功效。痰是专指下呼吸道感染所产生的粘液，鼻涕是鼻腔内产生的粘液。】
你鼻子流鼻水、咳嗽，痰和鼻涕就带着有害物质离开体内。如果是要抵御在皮肤上的一些有害物质，那就用瘙痒，你便会尽量避免与其接触，或者通过不断扣痒将其从皮肤上去开。
虽然平时花生和花粉这些是不致命的，一般说到过敏，只是想到对一些非常常见的食品或环境过敏的例子，只想到它给生活带来不便。可谁又说得准，说不定某天大范围的自然灾害，使得花粉成为有毒物质，任何吸入一点却无法迅速通过咳嗽和打喷嚏将其移除的人都会被秒杀呢？那时候，花粉过敏就有很强的进化优势了。
关于题主的第二个“残酷”理论，不知“干净的离去”是不是有什么引申的意思。由于过度的身体反应产生的全身型过敏是很难受的。真不算是“干净的离去”。
过敏性休克（Anaphylactic shock）是最严重、可致命的全身型过敏反应，仅发生在人类和哺乳类动物。英文原词来自于希腊文，ana的意思是抵抗，后部分词意为保护。这种严重的过敏反应通常是由于注射、皮肤接触或者吸入引起的。这种严重的过敏反应的确是令人很难讲它给人带来了什么进化优势。但是，这种反应在今天人类社会中，也最多有1%的人一生会经历至少一次这样的过敏反应，而且过敏性休克只要是治疗及时是没有问题的，首选治疗就是肾上腺素，同时需要吸氧和大量输液等。所以对于全人类来讲，这根本不算什么致命性的进化缺陷。由于近百年的医学进步，遗传到可能导致过敏性休克的基因的人类比例在逐渐增加。英国每年由于全身性过敏反应而死亡的人数是20。全球范围内，最常见的死亡原因是药物，其次，（在澳大利亚）对于女性为食物，对于男性为昆虫咬伤。
总的来说，过敏是有进化优势的。但过敏性休克是一个极端的例子，不能代表所有的过敏反应的进化意义。不过，过敏的确是一个显示达尔文进化理论的局限性的好例子。
有个句话说的好：Beyond genetics there is epigenetics.
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