PyMOL：您真正需要知道的 10 个非常基本的命令【01】

今天我们讨论了 5 个基本命令，它们可以让您的 PyMOL 生活更轻松。
命令 1 - 更改 PyMOL 会话的背景颜色

哇哦！这将是一个有趣的命令！简单易行，您需要在 PyMOL 命令框中输入以下内容。
bg_color white您在关键字bg_color后指定的颜色是您选择作为背景的颜色，因此请谨慎选择！

这是选择 bg_color white的结果。它非常适合出版物和官方资料。相信我。
现在让我们尝试一些很酷的东西。青色呢？让我们试试吧。
bg_color cyan

看起来不错！
最后，让我们将它恢复为黑色，因为现在没有什么比黑色更好的了，对吧？

命令 2 - 去除 PyMOL 中的溶剂

有时，你可能会发现溶剂分子附着在特定的蛋白质上，这是因为溶剂分子为蛋白质结构提供了稳定性。
溶剂和蛋白质的氨基酸（疏水性和亲水性）之间存在相互作用，您必须在课堂上学习过，但如果您没有，请不要担心，溶剂分子只是帮助蛋白质留在其中一个特定的配置。
作为一名蛋白质科学家，更确切地说是一名蛋白质结构专家（我不知道这个职位是否真的存在嘿嘿), 我真的不关心溶剂分子的位置以及它们的方向。这是我真正关心的最后一件事。所以，我想要我的蛋白质结构，但我想去除溶剂分子。
只需要输入
remove solvent

这是去除溶剂之前的蛋白质。如果你仔细观察，你可以看到我的蛋白质周围有红色的小溶剂分子。

我们完成了！没有那些小的干扰中断溶剂分子，我的蛋白质结构看起来很漂亮！
命令 3-PyMOL 中的帮助命令

我是一个健忘的人。我敢肯定有些人（有些人，我知道大多数阅读此博客的人都非常聪明）像我一样健忘。
help 命令后跟任何关键字（任何对 PyMOL 有意义的词）帮助我们理解该关键字的用途。例如——让我们在 PyMOL 命令行中输入help color看看会发生什么。
help color

在命令框中键入help color会在 PyMOL 控制台中为我们输入以下行。
EXAMPLE color cyan color yellow, chain A使用color 关键字的一些示例是在命令行中写入“color cyan”，然后您的蛋白质就会变成青色。

这就是我们用青色着色的蛋白质的样子！
或者您可能只是想将蛋白质的链 A 染成黄色，因此您可以通过在命令框中键入“color yellow, chain A”来指定它。

这种蛋白质现在看起来很漂亮！看看它的链条A是如何用黄色标记的！
参考资料：
https://medium.com/@snippetsbio/pymol-10-very-basic-commands-that-you-really-need-to-know-part-2-6d1cf2621ca7
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