先说结论：
题主本身专业是信息管理与信息系统专业，申请MIS专业会更有优势，申请到名校的几率会更大一些。
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MIS专业分两类：
一类是偏技术一些，课程设置方面会更多的学习偏CS方向的一些课程，像信息技术研究，数据处理技术，信息系统架构，软件工程，数据库系统等。如CMU，Berkley, UW, NEU等学校的MIS专业，就业方向也跟CS的很像，拿实习和找工作也没问题，湾区的科技公司flag做IT consulting的工作类，相比直接申请这些学校的CS项目的难度要小一些。就业的话也能向CS靠。
另一类的MIS是偏商业一些，课程设置方面更偏策略管理，商业方面，像IT Strategy, Business intelligence, Anlytics, ERP and Security，商务交流、电子商务、市场营销、战略决策、运营管理、物流管理、项目管理等，就业方向跟BA很像，科技公司的产品经理，技术咨询和管理咨询，四大咨询师或者金融公司的商业分析师等。这类的职位对交流交际沟通能力很看重。留美工作没有本国人士有优势，回国就业会更好。
另外MIS是实践性的学科，所以很少有PHD项目，学校也比较看重申请者的实践能力，有的项目会要求有1-3年的工作经验。对工作经验没有要求的也会比较看重实习经历，如果有在顶级咨询公司或者 IT 公司的实习经历，会对申请加分。像UC-Berkley的Master of Information Management and Systems (MIMS)这个项目，官网明确写着是要Successful work experience in relevant fields。
以往申请经验看，如果申请者有着很不错的实习经历的也有录取的案例。但是MIS的综排高的学校，前三十可以申请的学校比较少，除了加州伯克利，卡梅外，密歇根安娜堡大学的项目也非常的牛，其他的比较好的项目，像德州奥斯汀，华大，和明大等都是三十之外了。
如果题主比较在意名校的话，可以和BA一起申请。BA也是STEM，项目与MIS有相似之处，不同在于BA还是偏数据分析，MIS还是偏计算机的,但是BA项目有设置的名校比较多一些，就业领域与MIS有重合。
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当然从美国就业方面讲，还是CS就业更有优势，如果题主想要申请CS项目，一个是先修课方面要把计算机的一些核心课程像操作系统、结构化高级语言程序设计、数据结构和算法、计算机系统 软件工程、离散数学、线性代数、概率论与数据统计等如果没有修过的可以Coursera修一下，另外三维也要高，TOEFL ,GPA 和GRE都要有不错的成绩，科研也很重要，或者有CS对口的实习，最好是big title的公司，背景方面提升一下。
简而言之，如果你十分热爱编程，并且职业目标就是做程序员或其他技术岗位，请大胆申请CS专业。CS专业有更多技术类课程供你选择，这也会大大拓宽你的知识面，使你接触到更多新兴技术，为今后的职业道路打下扎实的基础。
如果你技术背景较弱，但同时又想提高自己的技术水平，申请MIS专业还是非常合适的，MIS专业很适合性格外向，喜欢与人交流，且职业规划偏向于管理、咨询类工作或者其他非技术类工作的同学。
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加油！
希望我的回答对你有帮助。以上。
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